Noto ble antakelig etablert av en av de tre «stammene» på Sicilia som bebodde øya i jernalderen – sikelere. Det ble en romersk by rundt 260 evt. og hette da Netum. I følge mytene slo Daidalos seg ned her etter sin flukt fra Kreta. Det var hans sønn Ikaros som falt i havet etter å ha fløyet for nært solen. Herkules skal også i følge myten ha bodd her. I dag er byen mest berømt for sin enestående barokke stil.
Denne byen ble rasert av det store jordskjelvet på Sicilia i 1693. Man tror halvparten av innbyggerne strøk med i jordskjelvet og byen lå i ruiner. Det ble bestemt at byen skulle bygges opp der den lå, og grunnet at det ble raskt bygd opp i denne tidsperioden så har sentrum av denne byen en sammenhengende barokk stil og blitt berømt for det. Som mange andre italienske og katolske byer har også Noto en mengde kirker selv om katedralen er mest kjent. Dagens by ble grunnlagt i 1703.
Arkitekturen gjør at sentrum og kirka står på Unescos liste (UNESCO World Heritage Site) Katedralen kollapset delvis i 1996 og ble først gjenåpnet i 2007.
Myten eller sagnet om Daidalos:
Det er mange historier om Daidalos, men den meste kjente er at han konstruerte labyrinten på Kreta hvor uhyret Minotaurus ble holdt. Kongen på Kreta het Minos. Minotaurus var halvt okse og halvt menneske. Og det ble ofret unge mennesker til Minotaurus. Det var her den athenske helten Thesevs overvant uhyret. Daidalos og hans sønn – Ikaros – flykter fra Kreta ved hjelp av vinger laget av fjær som ble festet til kroppen av voks. Daidalos advarer sønnen Ikaros om ikke å fly for nært solen fordi da vil voksen smelte og han vil ramle ned. Ikaros hører ikke på sin far og det uunngåelig skjer at han mister vingene og ramler ned. En fortvilet far oppkaller øya i nærheten av der Ikaros faller i havet for Ikaria til minne om sin sønn. Dette kan oppfattes som en lignelse om hybris eller overmot og hva det kan føre til.
Daidalos ankom senere trygt på Sicilia og da har i alle fall noen pekt ut Noto som stedet, men det er flere varianter av denne fortellingen.
